明朝在位时间最长的皇帝是哪一位？明神宗朱翊钧（1563年9月4日-1620年8月18日），明朝第十三位皇帝，明穆宗朱载坖第三子，生母孝定太后李氏。隆庆二年（1568）三月十一日被立为皇太子，正位东宫。隆庆六年（1572年），明穆宗驾崩，10岁的朱翊钧即位，年号万历，在位48年，是明朝在位时间最长的皇帝。