分子设计育种是指根据不同作物的具体育种目标，以生物信息学为平台，以基因组学和 蛋白组学  等数据库为基础，综合育种学、遗传学、生物信息学、生理生化学、栽培学和生物统计学等学科的相应信息，在计算机上设计最佳育种方案，进而实施作物育种试验的分子育种方法。